Подтема (sub-theme) — это тема, которая наследует функционал другой темы. Под функционалом понимается — шаблоны (файлы tpl.php), css/js файлы, настройки, функции определённые в template.php.
Зачем нужны подтемы
Главный девиз Drupal — "Не трожь ядро!", именно для этого и нужны подтемы — чтобы можно было изменить какую то часть базовой темы (входящую в ядро друпала или скачанную с официального сайта) не трогая её файлы.
Например в подтеме можно подключить свой css файл или изменить один из шаблонов, при этом родительскую тему можно будет спокойно обновлять, не боясь затереть сделанные изменения.